GSEA富集到的通路相关信息有没有？

上一次《你想在GSEA可视化图中标注几个基因？》问的其实也是这个问题，虽然针对标注基因，给了解决方案，但实际的数值信息你还是没拿到。

对于感兴趣的通路，像running ES这些信息，其实我们有另一个图，是gsearank()函数画出来的，正好就是画这个信息，我们在《文章发表：基于癌症干性识别索拉非尼的耐药机制》一文中就用到了这种图。

我们先来个例子：

require(clusterProfiler)
data(geneList, package="DOSE")

x <- gseKEGG(geneList)

require(enrichplot)
id <- 'hsa04110' 
gsearank(x, id)

能不能把这个图的信息，给到大家呢？答案当然是可以，于是我又更了一下这个函数，引入一个参数output = "plot"，行为和原来一样画一个图，然后你可以传output = "table"，那么返回来就是一个表格，相应通路的信息就有了。

这个是基于基因的，基因在什么位置，对通路富集的贡献，是不是leading edge里的基因。不过瘾是吧？因为你想知道基因的信息，这样的表格，才方便你在里面看有没有感兴趣的基因。加点信息太容易，比如说用bitr函数来点料。

然后无非是merge一下，当然你用merge的话，排序会乱，你可以自己重新排一下。像下面这样子，通路里的基因信息就有了。

你可以对column进行排列，把基因symbol，name什么的，放到前面去。

这个表格是通路里所有的基因，包括leading edge (core enrichment)和非leading edge里的。全都在里面。

PS: 上一篇文章《你想在GSEA可视化图中标注几个基因？》里面提到的geom_gsea_gene图层，也可以直接加在这个gsearank()出的图上哦。这就是图层设计的好处，比在函数里写死，好太多。这个具有灵活性和通用性。当然我现在当前就是一个通用的设计，把标注打上去，至于怎么打？用户说了算，用户自己去调参数，如果你有好的例子，有一些参数调整的行为能够更好地出图，也欢迎反馈给我，我可以相应的看一看是否整合进去，搞点默认行为，让函数一键出图时，就已然是没啥好调整的，那是最理想的。