Cancer Cell | CPTAC的GBM队列

Duty
Bloger
Page content

Cancer Cell | CPTAC的GBM队列 by AI生信小木屋

讲在前面：CPTAC共有10种开放获取的癌症类型，其中每种癌的队列几乎都发表在Cell的大子刊上，Cancer Cell | CPTAC初探索中点到了CPTAC在线分析平台中的ProTrackPath（http://pancan.cptac-data-view.org/），ProTrackPath本是用于获取泛癌队列中各种通路富集的ssGSEA评分的平台，而在其首页还有10个队列发布时的文章链接：

ProTrackPath首页

作为神经外科的研究生，当然要细细品味CPTAC的GBM队列，从ProTrackPath进入GBM队列发表的文章，发表在Cancer Cell（1区/Q1，IF 50.3）[1]上，题目为“Proteogenomic and metabolomic characterization of human glioblastoma”

图形摘要

用一句话概括本文：通过对CPTAC中99例GBM患者的基因组，转录组，甲基化组，蛋白组，翻译后修饰组，代谢组，单细胞转录组的整合分析揭示蛋白质基因组学在GBM中的重大挖掘价值。以下分别以模块为单位对这项研究进行解读（仅代表个人观点，欢迎批评指正）

TCGA-GBM队列最初公布时分别在Cell[2]和Nature[3]正刊各发表了一篇文章：

TCGA-GBM发布文章

从那以后至今TCGA-GBM队列已无数次出现在了各个分段的文章中，而且这些大队列的大研究得出的结论不少也已相互印证并成为胶质瘤研究者的通识。

TCGA-GBM vs CPTAC-GBM挖掘潜力

那么2021年公布的CPTAC-GBM队列发展势头如何？自己的研究又如何借力发挥？我们拭目以待


参考资料

[1] Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium. Proteogenomic and metabolomic characterization of human glioblastoma. Cancer Cell. 2021 Apr

[2] The somatic genomic landscape of glioblastoma. Cell. 2013 Oct

[3] Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways. Nature. 2008 Oct 

原文链接