谁说肿瘤高表达基因就是生存风险因子（学徒作业） by 生信技能树 非常多的粉丝在我们生信技能树后台留言询问，为什么他/她关注的基因明明是癌基因，明明是在肿瘤病人高表达（TCGA数据库搜索后的结果），但是却发现它对生存的影响居然是保护因子！（同样的网页工具）所以我这里安排一个学徒作业，大家需要去下载TCGA数据库的BRCA这个癌症的芯片和RNA-seq的表达矩阵，分别进行差异分析，拿到统计学显著的上下调基因列表。同样的，根据表达量把病人分成高低表达两个组后进行生存分析，这里主要是COX方法，把基因区分成为风险因子和保护因子。然后把两次分析的基因列表取交集，会拿到9个基因集，加油！当然了，你还可以把这个任务继续细化，比如可以把基因区分成为编码和非编码的，然后BRCA本身可以区分成为4个亚型，分开分析。关于TCGA数据挖掘我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程）4、探索各类肿瘤中两个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平相关性（散点图）5、探索各类肿瘤中多个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平总结（热图）6、探索各类肿瘤中单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）与所有其它分子相关性并且排序7、探索各类肿瘤中单个基因突变或者单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的预后（生存曲线）8、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）分组后的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）特性的分布关于TCGA数据库TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库，包括：DNA SequencingmiRNA SequencingProtein Expression arraymRNA SequencingTotal RNA SequencingArray-based ExpressionDNA MethylationCopy Number array知名的肿瘤研究机构都有着自己的TCGA数据库探索工具，比如：Broad Institute FireBrowse portal, The Broad InstitutecBioPortal for Cancer Genomics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center关于生存分析我已经在生信技能树公众号已经多次介绍过生存分析:集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗生存分析时间点问题寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值apply家族函数和for循环还是有区别的（批量生存分析出图bug）TCGA数据库生存分析的网页工具哪家强关于差异分析B站视频，几乎一半，都是围绕差异分析来的。转录组的上游分析视频以及代码资料在：https://share.
大规模-高通量-多组学-居然只能把食管癌分成两个亚型 by 生信技能树 最近在朋友圈刷到了2021年8月份发表在Nature Communications杂志的文章，标题是：《Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting》，我就下载看了看，研究者们对124对食管癌患者的肿瘤和配对癌旁组织进行了蛋白质组学和磷酸蛋白质组学分析，揭示了EC中失调的蛋白质和磷酸化位点，并根据蛋白质组分析将EC分为S1和S2两个分子亚型。
这两个科研插件，解决 99% 的文献下载问题！ by 科研论文时间 文献下载链接直达，影响因子显示，一键网页翻译，中国知网 pdf 文件下载，对于很多科研工作人员来说这都是必备功能。
《自然·医学》：MSKCC科学家发布迄今最大直肠癌分子研究成果！ by 奇点肿瘤探秘 *仅供医学专业人士阅读参考
《侏罗纪世界》女主角自曝曾拒绝减肥获导演谅解 by cnbeta 主演《侏罗纪世界》三部曲的布莱斯·达拉斯·霍华德（Bryce Dallas Howard）首度公开自己曾收到指示，要求她为《侏罗纪世界3》减肥。霍华德未指明是哪位领导关心她的体重。《侏罗纪世界3》为环球影业赚取了近十亿美元票房，仅次于《壮志凌云2》，暂列年度票房亚军位置。
R实战| PCA、tSNE、UMAP三种降维方法在R中的实现 by 木舟笔记 降维在组学分析中，一般通过降维算法得到低纬度如二维或三维的新坐标数据，再结合可视化技术去展示样本的在新坐标的空间分布，接着加上统计检验结果证实整体组学水平上组间的差异性。降维算法有基于线性模型的PCA，也有基于非线性的tSNE和UMAP等方法。
中国英文科技期刊推介：Forensic Sciences Research by 中科院文献情报中心分区表 Forensic Sciences Research（《法庭科学研究（英文）》，简称FSR），是中华人民共和国司法部主管、司法鉴定科学研究院主办的官方英文杂志，2015年正式建刊，是目前国内唯一一本面向国际的以法医学专业为主的法庭科学领域的英文季刊。
秒杀AlphaFold！Science：用AI一秒设计自然界全新蛋白质 by GenomicAI 文章来自于新智元，Aeneas 好困编辑【GenomicAI导读】利用AI，我们现在可以在几秒之内设计出自然界中全新的蛋白质了。最近，来自华盛顿大学的科学家在Science上连发两篇论文，介绍了ProteinMPNN算法工具。过去两年，机器学习彻底改变了蛋白质结构预测。
良心去哪儿了 by 颍源柳 去年2月5日，我发了一篇小文《父母心》，从手机网络上看，该文读者近千。前些天，连续下了几天的秋雨，暑尽秋来，凉爽宜我。在一雨天的上午，两个好友约我品茶小聚。细雨敲窗，凉风习习，茶香缭绕，好不惬意。期间，我们闲聊到尽孝父母的话题，他俩给我说了几个真实的事儿，听后，久久不能平静。这几个事中的主人公与《父母心》中那三对父母之心相比，天壤之别矣！现记述如后。为方便起见，隐去其真实姓名和地名，以“未庄”代以村名，以《百家姓》中的“赵钱孙李”代以姓氏。
养猪改变命运 by 市界 风来时想上天，风走时难掉头。正邦科技可谓猪企近几年扩张的一个典型。特别之处在于，似乎过于盲目，在猪价高的时候大肆扩张，在行情急转直下的时候来了个措手不及。作者丨雷彦鹏